Theo số liệu tổng hợp từ báo cáo của các địa phương đến tháng 12/2018, tổng số nợ đọng trong Chương trình Mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới đã rút xuống còn 651,8 tỷ đồng (giảm khoảng 95,7%) so với tổng số nợ 15.218 tỷ vào thời điểm tháng 1/2016. Trong đó, TP. Hải Phòng là địa phương tự cân đối ngân sách còn nợ 195,2 tỷ đồng và 7 tỉnh có số nợ đọng trên 40 tỷ đồng là Thanh Hoá, Ninh Bình, Bắc Giang, Hà Giang, Lạng Sơn, Thái Bình và Phú Thọ. Hiện có 50 tỉnh, thành phố cơ bản đã xử lý xong và không còn nợ đọng.
Nợ đọng xây dựng cơ bản trong Chương trình Mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới vốn là vấn đề “nóng” ở khu vực nông thôn trong giai đoạn trước. Trong quá trình phát triển cơ sở hạ tầng, các xã đã phải nợ các nhà thầu tiền và mức này tăng lên tới đỉnh điểm là 15.218 tỷ đồng khi được thống kê vào tháng 1/2016.
Ngày 23/11/2016, Quốc hội đã ban hành Nghị quyết số 32/2016/QH14 yêu cầu xử lý dứt điểm khối nợ đọng này. Thủ tướng Chính phủ, Ban chỉ đạo các Chương trình mục tiêu quốc gia sau đó cũng có văn bản, chỉ đạo các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khẩn trương, tập trung đẩy nhanh tiến độ xử lý nợ đọng.
Thực hiện yêu cầu này, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn đã chủ trì và phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính tổ chức các đoàn công tác liên ngành đi kiểm tra thực tế nợ đọng xây dựng cơ bản thuộc Chương trình Mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới tại các tỉnh: Hải Dương, Hà Nam, Quảng Nam, Thanh Hóa, Bắc Ninh, Thái Bình, Hải Phòng, Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Nghệ An...
Thứ trưởng Trần Thanh Nam cho rằng hầu hết các địa phương đã nỗ lực xử lý xong nợ đọng trong xây dựng nông thôn mới, cơ bản hoàn thành tiến độ theo Nghị quyết số 32/2016/QH14 của Quốc hội.
Theo Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ, kết quả này có được là do điều chỉnh quy định của pháp luật, cho phép chính quyền địa phương sử dụng 8% tiền thuế sử dụng đất thu được ở cấp xã để phục vụ thanh toán tiền nợ đọng xây dựng cơ bản, góp phần giảm mạnh khối lượng nợ đọng mà Chính phủ và các địa phương không phải bố trí nguồn vốn chi trả.