Nhưng để phù hợp với chủ trương quy hoạch của Hà Nội, việc duy trì một nhà máy như vậy tại khu đông dân cư ở Hà Nội là không phù hợp. Bởi các hoạt động tại đây đã gây ra tình trạng ô nhiễm, ồn ào, nhếch nhác. Nhà máy xay xát đã phải dừng hoạt động.
Năm 2004, nhằm giải quyết tình trạng lao động dôi dư và để tận dụng quỹ đất trống, Công ty Lương thực cấp 1 Lương Yên (nay là Công ty TNHH MTV Lương thực Lương Yên) đã đề xuất Hà Nội tạm thời quy hoạch khu đất này thành bến xe khách với diện tích 10.200 m2, nhưng sẽ chỉ là một bến xe hoạt động tạm thời để giải quyết các vấn đề trước mắt.
Đến năm 2011, do nhu cầu chuyển đổi mục đích sử dụng đất tại bến xe Lương Yên, Tổng công ty Lương thực Miền Bắc đề nghị Sở GTVT Hà Nội sắp xếp lại các tuyến giao thông ra vào bến xe Lương Yên trên phần diện tích 5.576 m2 phía Bắc bến xe Lương Yên trong giai đoạn Tổng công ty triển khai xây dựng khu tổ hợp công trình cao tầng ở khu vực phía Nam bến xe. Sở GTVT Hà Nội đã chấp thuận phương án này, thu hẹp lại diện tích sử dụng bến xe Lương Yên, cho phép bến xe tiếp tục hoạt động tạm thời cho đến năm 2013.
Năm 2013, sau gần 10 năm hoạt động trong tình trạng tạm bợ, bến xe Lương Yên nhận được kiến nghị dừng hoạt động. Tuy nhiên, do đề xuất của Hiệp hội vận tải Hà Nội cũng như của các doanh nghiệp đang khai thác, UBND TP Hà Nội đã ban hành quyết định gia hạn thời gian hoạt động của bến xe này cho đến tháng 7 năm 2016.
Trong quyết định số 1593/QĐ-SGTVT ra ngày 29/7, bến xe khách Lương Yên tiếp tục được gia hạn thêm 3 năm nữa nhưng sẽ phải chấm dứt mọi hoạt động vào ngày 26/7/2016.
Hai tháng trước thời điểm bến xe Lương Yên chấm dứt hoạt động, Công ty TNHH Một thành viên Lương thực Lương Yên – đơn vị đang quản lý khu đất, đã gửi văn bản kiến nghị Sở GTVT Hà Nội phải đưa ra phương án di dời bến xe này trước ngày 26/7, để bàn giao lại khu đất cho đơn vị.
Sở GTVT Hà Nội đã báo cáo UBND TP Hà Nội về thời hạn đóng cửa bến xe Lương Yên và dự kiến xây dựng 2 phương án di dời xe khách sang các bến xe khác trên địa bàn Hà Nội.
Phương án 1, sẽ điều chuyển các tuyến xe, phương tiện đang hoạt động tại bến xe Lương Yên về các bến xe còn khả năng tiếp nhận trên địa bàn thành phố trong khi làm việc với các đơn vị khai thác bến xe để sắp xếp lại luồng tuyến tại các bến xe phục vụ cho việc tiếp nhận các tuyến mới từ bên xe Lương Yên chuyển sang, sắp xếp các tuyến xe khách liên tỉnh, xe buýt.
Phương án 2, điều chuyển toàn bộ luồng tuyến và phương tiện từ bến xe Lương Yên sang sau khi bến xe khách Cổ Bi (Gia Lâm) đủ điều kiện tiếp nhận.
Hiện nay, bến xe Lương Yên đang có 38 tuyến vận tải đi 20 tỉnh (thành phố), tần suất 335 lượt xe/ngày, với 319 phương tiện vận tải của 52 đơn vị vận tải.
Mặc dù còn có ý kiến lo ngại việc điều chuyển này sẽ làm xáo trộn nhu cầu đi lại của người dân, tuy nhiên để xây dựng một đô thị văn minh thì không thể duy trì mãi một bến xe tạm ngay giữa thành phố./.