Cụ thể, Bộ VH-TT&DL đề nghị UBND 3 tỉnh Quảng Ninh, Bắc Giang và Hải Dương tiếp tục triển khai, thực hiện các ý kiến của Bộ VH-TT&DL tại công văn ngày 19/12, đồng thời thống nhất nội dung hồ sơ; kế hoạch xây dựng hồ sơ; tiến độ, quy trình triển khai Hồ sơ đề cử.
Bộ VH-TT&DL đề nghị Sở VHTT tỉnh Quảng Ninh chủ trì, phối hợp với Sở VH-TT&DL các tỉnh Bắc Giang, Hải Dương và Cục Di sản văn hóa, Cục Hợp tác quốc tế (Bộ VH-TT&DL) tiếp thu ý kiến của Ban Chỉ đạo để khẩn trương hoàn thiện Kế hoạch xây dựng hồ sơ khoa học quần thể di tích và danh thắng Yên Tử (Quảng Ninh, Bắc Giang và Hải Dương) trình UBND 3 tỉnh Quảng Ninh, Bắc Giang và Hải Dương xem xét, phê duyệt, báo cáo Bộ VH-TT&DL.
Quần thể di tích và danh thắng Yên Tử mà các tỉnh dự kiến trình UNESCO bao gồm Khu di tích và rừng quốc gia Yên Tử (Quảng Ninh), Khu bảo tồn thiên nhiên Tây Yên Tử (tỉnh Bắc Giang) và Khu di tích lịch sử - văn hóa Côn Sơn - Kiếp Bạc (tỉnh Hải Dương).
Sau khá nhiều các hội nghị, hội thảo bàn về việc xây dựng hồ sơ trình UNESCO, các chuyên gia cho rằng nên nghiên cứu xây dựng theo 3 tiêu chí 3, 5 và 6 theo Công ước của UNESCO để trình UNESCO.
Cụ thể, tiêu chí 3 quy định phải có là một bằng chứng độc đáo hoặc duy nhất hoặc ít ra cũng là một bằng chứng đặc biệt về một truyền thống văn hoá hay một nền văn minh đang tồn tại hoặc đã biến mất. Tiêu chí đề cập tới một ví dụ tiêu biểu về sự định cư của con người hoặc một sự chiếm đóng lãnh thổ mang tính truyền thống và tiêu biểu cho một hoặc nhiều nền văn hóa, nhất là khi nó trở nên dễ bị tổn thương dưới tác động của những biến động không thể đảo ngược được. Trong khi đó, tiêu chí 6 phải yêu cầu phải gắn bó trực tiếp hoặc cụ thể với những sự kiện hoặc truyền thống sinh hoạt với các ý tưởng, hoặc các tín ngưỡng, các tác phẩm văn học nghệ thuật có ý nghĩa nổi bật toàn cầu.
Tuy nhiên, theo GS.TS Trương Quốc Bình, Ủy viên Hội đồng di sản văn hóa quốc gia, nguyên Giám đốc Bảo tàng Mỹ thuật Việt Nam, không nhất thiết phải đề xuất nhiều tiêu chí vì chỉ cần đáp ứng 1 trong 10 tiêu chí là có thể trở thành di sản thế giới. Mặt khác, khi đã xác định loại hình di sản văn hóa thì chỉ đề xuất việc xem xét các tiêu chí văn hóa mà không đề xuất những tiêu chí về tự nhiên như chỉ dành cho các di sản hỗn hợp giống như Tràng An.
Ngoài những giá trị lịch sử văn hóa đã được khẳng định, theo GS Bình, quần thể di tích Yên Tử còn có thế mạnh về cảnh quan sinh thái. Đây là vùng đại diện tiêu biểu của cảnh quan sinh thái trên địa bàn của cả 3 tỉnh Quảng Ninh, Hải Dương và Bắc Giang bởi ở đó tích hợp đầy đủ các yếu tố địa hình đặc trưng rừng núi, trung du, đồng bằng và biển. Sự đa dạng các yếu tố tự nhiên, tất yếu dẫn đến sự đa dạng văn hóa mà tôn giáo, đặc biệt là Phật giáo Thiền tông, phong tục tập quán, tục trò, tín ngưỡng, lễ hội cổ truyền là những biểu hiện sinh động.